系统说明

发布时间:
2019-11-03 11:35:00
作者:
admin


导航栏各模块说明:

个人中心


  • ·         个人中心主要包括6个部分,个人信息卡片可显示用户主要个人信息,包括用户名、阶级、积分和奥币数量等;任务记录卡片可显示最新执行的任务的信息一览;站内消息卡片包含系统消息和个人消息,系统消息包含软件运行状态通知和系统推送消息;Omicshare动态卡片,主要展示近期OmicShare发布的动态;常用软件卡片展示用户最常使用的三个软件;软件使用情况卡片通过柱形图方式展示使用次数最多的前15个工具。页面底部为Omicshare引用说明。

软件中心


  1. 软件库包含五类基本生物工具软件:表格工具类,序列处理工具类、序列比对类、统计类、可视化图形类和格式转换类。另外还有高级软件,如趋势分析,pathway富集分析、go富集分析、OSGO分析等。
  2. 云平台目前共有76个生物工具软件可以使用,可以根据类别快速找到需要的软件,新工具也在不断开发更新中。
  3. 用户可以收藏自己常用的软件,以方便快速查找使用。

我的数据

  1. 我的文件里储存了用户上传的所有文件,并有详细描述文件的上传时间和大小。用户可以选择按文件名、时间先后、文件大小或者是文件类型排列文件
  2. 用户可以进行新建文件夹、文件上传与下载、移动文件位置、重命名文件、删除文件,也可以批量操作文件。另外,还可以按不同条件查找文件。注意:新建文件夹和重命名文件时不能出现特殊符号,否则操作无效。
  3. 另外建议,把要使用的文件先上传到云端,这样在使用软件时可以选择已上传的云端文件,省去了提交任务时本地文件反复上传效率低而且速度缓慢的麻烦。


如图所示,页面右上角有搜索框,可以对文件进行快速查找,可选择关键字查找、文件大小查找、文件类型查找、修改时间等不同方式进行查找。用户可以上传新文件,可以新建文件夹来管理文件,也可以批量下载、移动、删除文件。

单个软件界面

用户使用软件的界面。这里以三元图 为例。


使用软件提交后,就会跳转到任务队列页面,用户提交生成的任务会在此排队。

我的任务

  1. 所有软件使用后都会生成对应的任务,任务状态包括失败,挂起,出错,运行中,完成。用户可以通过关键字搜索相关任务,系统每隔3分钟自动刷新任务列表,用户也可以一分钟后手动刷新任务列表。任务的状态变为已完成时,可以查看文件(缩略图)和下载结果文件。
  2. 在我的文件里也有Task文件夹,它会保存提交任务的结果文件,只需要按当时提交的任务名查找结果文件夹即可找到结果文件。

回收站

回收站里面显示的文件是已删除的文件,可还原也可彻底删除。还原文件就能恢复文件到用户个人根目录下,彻底删除则完全清除文件,不能再查找到文件的痕迹。回收站也支持批量删除与还原。

积分/奥币模块


①奥币数和论坛的奥币数同步,每次使用软件提交任务就会扣取一定奥币数,消耗的值在每个软件界面都有显示,奥币数太少,可能会不足以使用软件提交任务,此时可以登录论坛,在论坛有很多方式可以获取奥币。
附:使用软件奥币消耗规则
②关于积分,每天登录云平台即可获得1积分,连续登录系统一周额外赠送3积分,积分值与等级直接相关,用户等级分为三个等级,萌新、大师和VIP会员。个人中心可查看当前积分值和用户等级。

新消息

  1. 新消息包含用户收到的所有信息,导航栏头像后面的数字是所有消息的总条数。个人中心站内消息卡片中更多按钮点击可以查看所有系统消息和个人消息。
  2. 系统消息是自己的任务完成后的通知消息,或者是奖励消息,即额外增加积分/奥币的信息。
  3. 个人消息是管理员发送或回复的消息。一般是用户在网站发送反馈信息后,管理员的回复。

用户菜单

  1. 点击个人中心前往对应页面。
  2. 点击我的奥币前往对应页面,可以通过充值或兑换码兑换的方式获得奥币和积分。
  3. 点击修改密码可进入修改信息网页,修改密码、绑定邮箱等信息
  4. 退出网站。

我的客服

我的客服服务有四种方式,分别为加群讨论,论坛发帖、发送邮件和填写工单。推荐加群,能最迅速的得到答案。


权限说明

发布时间:
2015-10-19 15:14:22
作者:
admin

简介

在本系统中,用户分为3个等级,萌新,大师和VIP会员。等级越高,功能体验越好。等级和积分直接相关。

特权与功能 萌新 大师 VIP会员
会员头像
积分存在区间 1~300 >300 500元
单个文件上传最大值(M) 200 500 1000
单次上传文件数目(个) 10 15 50
个人存储空间最大容量(G) 5 20 100
高级软件的使用 付费 付费 免费,注释工具打折
每日最大任务投递数量(个) 无限制 无限制 无限制
任务处理优先级 较高 最高 瞬间
刷新任务等待时间(s) 10 5 0
视频点播特权 付费 付费 免费
视频倍速播放
尊贵会员身份标识
培训课程持续更新
论坛签到双倍奖励
书店打折
注: 所有用户注册后成为萌新。

积分获取方式

(1)每天登录云平台系统获得,登录一天得一分,连续登录一周额外奖励3分。
(2)通过论坛,官网或微信平台获取积分卡,兑换并使用积分卡可以快速增加积分,提升等级。

奥币的获得

方法1:完善OmicShare forum上的个人账户信息,如设置头像、视频认证、邮箱认证以及每天登录等都将获得奥币奖励。
方法2:前往OmicShare forum发帖回帖
方法3:邀请好友注册抢300奥币
老用户成功邀请一位新用户注册并激活账户,即可获得10奥币奖励;同时每邀请成功5个好友,将额外获得相应的奥币(额外奖励奥币数=邀请成功总人数/5(取整)×10)。每月1日,根据上月邀请获得的奖励来排名评选并奖励分享达人,月度达人第1名再奖励300奥币,月度达人第2名再奖励200奥币,月度达人第3名再奖励100奥币。 活动详情>>

案例一

发布时间:
2015-10-30 10:14:22
作者:
admin

有两组差异基因表达数据(10_centigrade和25_centigrade),需要画维恩图,并得到交集基因的表达量、功能注释等在基因总表里呈现的所有信息。
运作过程是,先利用venn图工具获取两组差异表达基因的交集基因名称,然后再使用表格筛选工具获取得到的交集基因的表达量、功能注释等在基因总表里呈现的所有信息。
①源文件: 文件一     文件二
②文件说明: 文件一是两组差异基因表达数据,使用venn图软件时的输入文件,可以得到的结果是两组差异基因的交集基因的基因名称。
文件二是基因总表,使用表格筛选软件时的输入文件。可以得到交集基因在总表的所有信息。
③使用工具: venn图      表格筛选
1.绘制维恩图,得到两组差异基因的交集

1)按照格式要求整理好数据,提交任务

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2).查看和下载分析结果

到“我的任务”查看维恩图分析结果。点击维恩图中的交集部分,会得到相应交集基因信息。然后将交集的基因ID复制,进行下一步的表格筛选。

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2.从基因表达总表中提取交集基因的表达量等信息

将上面复制的交集基因ID粘贴到“表格筛选”工具里的“要提取的名称清单”数据框内,或者保存为txt文件,再上传。然后上传所有基因表达量总表,根据是否有表头进行选择,并选择对第一列进行筛选。

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3.提交任务,查看数据
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本文版权所有归基迪奥生物科技有限公司所有

案例二

发布时间:
2015-10-30 10:14:22
作者:
admin
现有小白菜的转录组数据,想通过同源比对寻找与拟南芥NAC019同源的基因,并且拿到的NAC019序列是antisense的,需要先获取其反向互补序列。
运作过程:先使用序列格式化工具,获取NAC019的反向互补序列,在使用blast工具把NAC019序列比对到小白菜转录组。
①源文件: 文件一      文件二
②文件说明: 文件一是fasta格式的NAC019核酸序列,并且是antisense的,序列格式化工具的输入文件,获取NAC019的反向互补序列。
文件二是比对的subject序列,也就是小白菜转录组数据,注意必需是fasta格式
③使用工具: 序列格式化      Blast
1.利用“序列格式化”工具获取NAC019的反向互补序列:

1)将fasta格式的NAC019核酸序列输入数据框中,或者上传序列文件,并勾选“获取反向互补序列”,开始格式化

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2).查看并下载数据结果

任务完成后到“我的任务”查看,并下载格式化后的fasta格式序列结果。

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2.利用“Blast序列局部比对”将NAC019序列比对到小白菜转录组

①将刚才第一步fasta格式的反向互补结果输入数据框中,或上传序列文件。

②然后上传比对的subject序列,也就是小白菜转录组数据,注意必需是fasta格式。如果序列文件大小超过本地文件上传的限制(5M),就要先将序列文件上传到“我的文件”,然后再从云端文件选择.

③参数选择:
1)期望值(evalue):期望值越低,限制越严格,默认选择10;
2)输出格式:共有12种格式可供选择,每种格式的说明可在“案例演示”里查看;
3)程序:共有5种程序可选,选择某种程序后可在选择框的后面看到相应的说明,也可到“案例演示”里查看具体说明

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3.点击“开始比对”,程序将开始运行,完成后到“我的任务”查看并下载,结果如下
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