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[其他] 推荐一款好用的基因ID转换工具(二)

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  • TA的每日心情
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    发表于 2020.3.2 09:47:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
    基因的 ID类型有上百种,在之前的《常用数据库基因ID格式整理》已经为大家介绍过一些大家常见的ID类型。同样在《推荐一款好用的基因ID转换工具》一文也介绍过一款好用的gene ID转换在线工具:BioMart。  

    工具网址:http://www.ensembl.org/index.html

    可是,在生信交流群(群号:133146835)还是会有人在问:我研究的是植物,Select a species找不到植物物种,那么如何用BioMart转换植物的gene ID呢?


    其实,Ensembl不仅仅只有这一个数据库,还有植物、真菌、原生动物、后生动物、细菌数据库,如下:

    Plants


    网址:http://plants.ensembl.org/index.html

    Fungi


    网址:http://fungi.ensembl.org/index.html

    Protists(原生动物)


    网址:http://protists.ensembl.org/index.html

    Metazoa(后生动物)


    网址:http://metazoa.ensembl.org/index.html

    Bacteria


    网址:http://bacteria.ensembl.org/index.html

    以上这些sister sites,除了细菌,其他的数据库都有对应的BioMart工具,所以基本上可以完成已有物种gene id的转换。转换BioMart的界面和用法与之前介绍的相同,更详细的教程请参考《推荐一款好用的基因ID转换工具》一文。


    最后,这些网站无需你一一收藏,知道一个就可以了,可以通过网页的最下面的sister sites跳转到其他的数据库页面,如下:


    如果上述工具仍然无法满足你的需求,可参考《常用Gene ID 转换工具的用法》一文,试试其他的工具,今天的内容就到这里啦~

    拓展阅读

    《常用数据库基因ID格式整理》
    《推荐一款好用的基因ID转换工具》
    《常用Gene ID 转换工具的用法》


    本文作者:基迪奥-莫北

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    发表于 2020.3.2 09:59:42 | 显示全部楼层
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    发表于 2020.3.3 10:30:16 | 显示全部楼层
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    发表于 2020.3.27 16:44:53 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情

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    谢谢
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    发表于 6 天前 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情

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    发表于 5 天前 | 显示全部楼层
    好东西
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