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[转录组] 这么炫酷的图,竟然是富集分析结果?

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  • TA的每日心情
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    发表于 2020.1.2 09:44:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
    富集分析的意义

    转录组测序是高通量测序中应用最广泛的技术。在转录组的文章中,一般的分析套路如图1所示。
    第一步:通过转录组测序,我们可以获得样本间各个基因的表达量信息,从中可以筛选出关注的目标基因。这些基因可以是经过差异分析获得的差异基因,也可以是通过趋势分析获得的基因集。只要是你想关注的基因组成的集合都是可以的。

    第二步:获得目标基因后,需要将基因和生物学功能联系起来,这时候就需要富集分析将我们筛选出的目标基因进行归类,看这些目标基因富集在哪些相关的生物学通路上。之后我们可以根据实验内容挑选出相关的通路,也可以关注一些显著富集的通路。

    第三步:筛选出目标通路之后,利用后续的实验方法锁定目标基因。

    图1:转录组文章分析思路

    富集分析除了可以作为基因和生物学功能的“桥梁”之外,还有一个重要的功能就是将表格信息图形化。也就是将显著富集的结果用图形展示出来,使文章更加具有吸引力或者更容易将信息展示出来,有利于下一步的讨论分析。


    富集分析常见图形

    传统富集分析的图形有很多,比如气泡图、条形图、二级分类图等等。这些图都有它们独特的含义,但是都比较常见,算是初级的富集分析图形。

    图2:富集分析气泡图


    图3:富集分析柱形图

    如果富集分析只是包含这些“老套的”图形,是不是已经不够新颖也略显单调了。所以为了满足广大客户的需求,基迪奥开发出了新的图形,一起来看看吧。

    富集分析进阶版图形

    进阶版气泡图

    图4:高级气泡图

    这个气泡图展示了基因数目前100的pathway结果。气泡大小代表该pathway富集的基因数目的多少,气泡越靠上代表P值越小,通路越显著。超过阈值线的气泡为p<0.05的pathway。气泡图旁边的注释展示了显著富集分析前20的通路信息。

    独一无二圈图

    图5:富集分析圈图

    圈图就是利用几层圈圈就可以展示丰富的数据信息,我们新设计的这款圈图,最外层的颜色就代表了不同的KEGG A class;第二层包含了差异基因的数目和显著富集的程度信息;第三层展示了上下调基因的情况;第四层为每个pathway的富集因子。样式简洁且包含的信息更加的丰富。

    有了这样颜值与内在兼备的气泡图和圈图,是不是觉得自己的富集分析更加高大上了呢?想拥有这些图形么,基迪奥已经把这些图形都更新到转录组分析的报告中了,分分钟获得这些高颜值的图形。 并且转录组的报告已经全面更新,包括以下内容:
    1.  GSEA富集分析添加DO和Reactome数据库;
    2.  富集分析GO、KEGG、DO和Reactome数据库均添加高级气泡图和圈图;
    3.  农学转录组中部分物种添加了Reactome数据库进行富集分析。

    有了这样的转录组报告你还不心动么?lncRNA的报告同样进行了更新哟~如有需要,可以与当地销售联系。


    本文作者:基迪奥-小张张

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    发表于 2020.1.2 14:46:48 | 显示全部楼层
    好看,但是暂时用不到
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    感谢楼主的无私奉献
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    发表于 2020.1.3 09:14:22 | 显示全部楼层
    真酷炫
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    发表于 2020.1.3 10:01:11 | 显示全部楼层
    太秀了
    一直不知道咱这种图是怎么画的
    svg?
    R?
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    发表于 2020.1.3 11:12:49 | 显示全部楼层
    在哪里能画呀,最近被这些图搞得头晕,跪求
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    忙~
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     楼主| 发表于 2020.1.3 14:25:25 | 显示全部楼层
    现在与公司合作转录组就能拿到用这样酷炫图形的结题报告!云平台暂时还么的
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    忙~
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    发表于 2020.1.3 18:16:36 | 显示全部楼层
    坐等云平台出免费版!
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  • TA的每日心情

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    很有用
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    太棒啦
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    发表于 2020.1.6 21:22:40 | 显示全部楼层
    这个图很漂亮噢
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    发表于 2020.1.6 21:43:56 | 显示全部楼层
    大数据真的越来越重要
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    看着好高级
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    发表于 2020.1.8 22:27:00 | 显示全部楼层
    哇!圈图真的好好看
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    发表于 2020.1.10 06:11:33 | 显示全部楼层
    厉害,求分享代码
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