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Omicsmart:大数据时代转录组分析该有的样子

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    发表于 2019.11.8 09:59:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
    Omicsmart动态在线分析平台由于能够快速筛选数据,同步生成图形,实现数据表格和图形的交互分析,迅速成为了一款结合人性化和个性化的数据挖据利器。

    截止到目前,我们转录组、微生物、10X、遗传图谱交互分析的四大平台,由于操作简单、分析内容丰富、数据安全性高已吸引了44617位用户,助力发表了207篇文章,累计影响因子达670分,正引领大数据时代组学研究分析的潮流。

    最近大家期待已久的新版转录组在线报告也终于上线啦!常规的转录组分析流程包括样本关系分析,差异分析和差异富集分析等,通常一个分析就需要做很多个图形去挖掘数据,从学习到不断试错可想而知要花费大量的时间。

    支持从原始数据开始进行分析的Omicsmart,这次又给大家带来了哪些方便挖掘数据和将结果可视化的新体验呢?下面就来给大家展示一下Omicsmart究竟如何用更少的时间成本达到更佳的分析效果。

    1.基本操作

    Omicsmart样本关系分析包括了PCA、相关性热图、样本聚类图、重复性散点图,方便以多种方式找出离群的样本。比如最常用的PCA分析是将样本所包含的上万个维度的信息(上万个基因的表达量),降维为数个维度的综合指标(主成分),用于分析样本间的重复性好坏与组间样本的差异度。

    我们的结果会给出具体的PC1和PC2的值,不想要的样本,在表格内勾选,图形就会相应改变,在后续分析中也可以考虑剔除再进行分析。我们可以根据需求改变图形样式、大小,选择以组或者样本的形式展示结果。

    图1 样本关系分析(PCA)

    差异分析,是对比较组样本基因的表达量进行差异分析,Omicsmart可通过柱状图、热图、小提琴图、火山图、雷达图呈现差异分析结果。


    Omicsmart厉害的地方,是每种图形可以根据P值、Q值或差异倍数进行筛选,同步改变表格信息并生成图形,而且又都有自己的操作特点。

    比如在最常用的热图分析中,我们可以选择是否对差异基因表达模式进行归一化后再层级聚类,并使用渐变的颜色来呈现聚类结果;对于分析中经常遇到的不知道样本可以根据哪些基因聚类到一起的问题,我们可以通过表格随时删减异常或研究之外的基因,再进行聚类分析,省去了很多我们用正常软件反复试错的时间。

    图2 差异分析操作示例(热图为例)

    当我们找到差异基因之后,需要深入了解差异基因的功能。但如果仅是看差异基因的功能有哪些,信息会非常零碎,我们需要的是对基因进行归类,即基因功能富集分析。Omicsmart平台提供了常用的GO和KO富集分析,图形包括分类柱状图,显著富集柱状图和显著富集气泡图。


    以GO显著富集气泡图为例,在参数切换中,我们可以在三个Ontology之间任意切换展示比较组信息,选择是根据P值或是Q值显示TOP N term,并从大到小或从小到大排列顺序。

    图3 差异富集分析操作示例
    (显著性气泡图为例)

    2.进阶技能

    除了市面上常规的这些分析,Omicsmart还有一些进阶的分析技能,比如目标基因集的分析。经历了样本筛选,差异分析,富集分析等等,我们已经结合多组不同的数据,进一步缩小了分析范围得到了我们重点关注的基因集,可以针对不同的基因集再进行富集分析。

    Omicsmart为了方便客户对目标基因集进行更多的个性分析,设立了专门的目标基因集分析板块,能将之前分析筛选得到的基因集表格单独或者合并,再进行包括目标基因的韦恩图、热图、GO和KO富集分析,有利于我们查找规律,或结合基因功能注释和文献报道,锁定我们重点分析的目标基因。

    图4 目标基因集操作示例

    3.特殊技能

    Omicsmart还有哪些特殊的技能呢?首先是差异分析中的雷达图,不得不拿出来单独说一下。雷达图可以用于两组样本的比较,根据P值或者Q值整体展示差异程度最大的TOPN基因的信息(最多可展示30个)。图中会分别显示各基因在两组内的表达量,以及在两组间的差异倍数,用颜色表示上调或下调情况。

    图5 雷达图


    而差异分析中常用到的韦恩图,通常可以用于展示多组或者多个比较组之间共有或特有的差异基因数量,但我们通常无法知道具体是哪些基因。这么简单的图形,Omicsmart更是发挥出了它强大的功能。


    我们点击图形中任一部分,都会在表格中相应显示具体的基因信息,连续选择,基因会不断添加合成一个表格,方便我们下载或用于其他分析。此外,我们可以随时调整阈值,勾选想要分析的比较组,立即重新绘图。

    图6 差异韦恩图操作示例

    只是挑选出上下调的基因还不觉得满足?Omicsmart提供的趋势分析是针对多个连续型样本(至少3个)的特点(样本间包含特定的时间、空间或处理剂量大小顺序)对基因的表达模式(在多阶段中表达曲线的形状)进行聚类,可以从聚类结果中挑选符合一定生物学特性(如表达量持续上升)的基因集。


    此次更新升级,对趋势分析的功能又进行了一些优化,比如可以自由选择我们想要的模块生成图形,还添加了趋势分析阴影图的展示,能看出每个模块里基因真实的变化趋势。

    图7 趋势分析操作示例

    听了上面这么多介绍,有没有动心呢?我们早已经为大家准备了账号可以免费体验优化后的Omicsmart分析操作, 体验账号密码如下:


    网址:
    www.omicsmart.com
    体验账号:omicsmart
    登录密码:test888888


    这种能节约大量时间成本达到理想分析效果的平台,在新版报告推出期间,还有预存送分析的活动,详情如下:


    最后,如果大家有什么问题,欢迎加入我们的Omicsmart用户群交流:

    基迪奥Omicsmart转录组QQ群
    群号:867486887


    本文作者:基迪奥-萌神

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    发表于 2019.11.8 10:18:00 | 显示全部楼层
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    发表于 2019.11.8 10:19:05 | 显示全部楼层
    好久没见泽标同学了
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    发表于 2019.11.8 10:50:00 | 显示全部楼层
    非常棒的资料
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     楼主| 发表于 2019.11.8 16:16:30 | 显示全部楼层
    platove 发表于 2019.11.8 10:19
    好久没见泽标同学了

    现在是miko同学负责这边惹不懂的还很多,请大家多多指教
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    萌神优秀,收藏了!
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    发表于 2019.11.25 11:34:42 | 显示全部楼层
    好像smart确实很牛逼的样子
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    发表于 2019.11.27 08:36:30 | 显示全部楼层
    感谢楼主分享。学习。
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    发表于 2019.11.28 08:04:48 | 显示全部楼层
    感谢楼主分享~~~
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    发表于 2019.12.4 07:21:08 | 显示全部楼层
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