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2019年上半年基迪奥客户文章汇总

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  • TA的每日心情

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    发表于 2019.6.28 09:41:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
    2019 上半年的120个工作日,基迪奥合作客户以每天1篇SCI的速度,累积发表文章128篇,累积IF达401,其中5分以上文章14篇。
    在医学、农学各领域,以转录组为中心的“转录组+”应用广泛,我们精选“转录组+Chip-seq / WGBS /蛋白/代谢/QTL/ncRNA”的经典文章,以及微生物群落宏转录组、18S文章和大家分享,希望可以给小伙伴们带来blingbling的科研灵感。
    1鼠 转录组 + Chip-seq



    题目:小鼠胰岛β细胞分化的CeRNA调控模型
    期刊:Biomaterials     IF = 10.273
    合作单位:南通大学附属医院
    研究目的:多能干细胞诱导的产胰岛素细胞移植在糖尿病治疗中有很好的前景,但分化成胰岛β细胞的调控机制尚不清楚。
    实验:小鼠多能干细胞诱导分化为胰岛细胞过程的4个时间点,转录组分析;对照组和组蛋白H3K4甲基转移酶复合物(PITP)沉默组的ChIP-seq。


    图1 ChIP-seq组间差异基因GO分析

    结果:基于基因表达量的差异分析和gene-lncRNA的网络,鉴定了一种新的lncRNA,Gm10451。作为一种影响β-like细胞分化的调节子,Gm10451定位于细胞质,通过靶向竞争性内源性RNA (ceRNA) miR-338-3p调控组蛋白H3K4甲基转移酶复合物PTIP。而PTIP的沉默与胰岛β-lik细胞分化有关(图1)。
    研究提供了一种通过表观遗传方式高效产生成熟功能性的多能干细胞起源的β-like细胞,为人类应用干细胞、生物材料和表观遗传修饰产生胰腺类器官治疗糖尿病提供参考。
    2猪 转录组 + WGBS

    题目:猪胚肌源基因早期去甲基化促进成肌细胞终末分化
    期刊:FASEB Journal       IF = 5.391
    合作单位:中山大学
    研究目的:探究肌源性基因的甲基化对猪早期胚胎发育过程中肌细胞分化的影响
    实验:取受精后18天、21天长白猪(LRs)和五指山小型猪(WZSs)的胚胎背部组织和受精28天LRs和WZSs的背最长肌,进行全基因组甲基化(WGBS)测序和转录组测序。


    图2 基因表达量水平与甲基化水平的关系

    结果:通过对LRs和WZSs的甲基化分析,发现在转录起始位点附近的调节区域,基因表达与甲基化负相关;在基因区,基因表达与甲基化正相关(图2)。
    早期转录起始位点的去甲基化和基因区的甲基化能激活小型猪早期的基因表达。研究结果表明肌源性基因早期的去甲基化在猪胚胎早期的肌肉分化过程中起着重要作用。

    3真菌 转录组 + iTRAQ


    题目:柑橘轮斑病致病机制
    期刊:Microbial Biotechnology   IF = 4.856
    合作单位:西南大学
    研究目的:轮斑病是一种由Pseudofabraeacitricarpa引起的新型柑橘病害。这种疾病的爆发给柑橘生产造成了巨大的经济损失。
    实验:分离获得单菌后,有/无柑橘叶组织粉末添加的真菌培养,3个重复


    图3 转录+蛋白九象限图


    结果:对701个转录本及其同源蛋白进行了定量和整合,有99种表现出相同的表达模式(图3)。
    分析获得几个潜在的关键致病性因素,16个unigenes被注释为植物细胞壁降解酶,13个unigenes同源于各种真菌的毒力因子,以及一个unigene被描述为一种富含半胱氨酸的分泌蛋白。

    结果表明,植物细胞壁降解、植物病原菌蛋白/多核糖核酸相互作用、萜烯生物合成等在枸橼酸p的致病性中起着重要作用。

    4细菌 转录组 + 代谢




    题目:煤烟脱硫废水的微生物净化机制
    期刊:Journal of Cleaner Production  IF= 6.395
    合作单位:广州大学
    研究目的:研发低成本的烟气脱硫废水处理技术及机制
    实验:以菌株BY7,SR10和SR3处理烟气脱硫废水,对处理后废水的硫酸盐、重金属、卤素、难降解有机物和脂肪酸成分进行测定,收集处理烟气脱硫废水前后的菌体进行转录组测序。


    图4 处理前后差异代谢物和差异表达基因


    结果:菌株BY7和菌株SR10表现出良好的废水处理能力,对高盐废水表现出耐受性,可以有效降解烟气脱硫废水中的硫酸盐、重金属、卤素和难降解有机物,转录组结果显示菌体的单不饱和脂肪酸累积增多,盐解毒相关基因显著上调。

    5水稻 转录组 + QTL




    题目:稳定QTL和厌氧萌发耐受有关基因的鉴定
    期刊:BMC Genomics       IF= 3.501
    合作单位:华南农业大学
    研究目的:厌氧萌发耐性是直播水稻品种的重要特性。了解水稻厌氧萌发的遗传基础是培育直播水稻品种的关键。
    实验:192个来自02428/YZX杂交的重组自交系(RIL)进行QTL分析;在厌氧条件下,分别对YZX与02428萌发第2天、第3天、第4天的胚芽和胚柱进行RNA-Seq分析。


    图5 基因与表型的相关性网络图


    结果:YZX和02428杂交的重组自交系中胚芽鞘表型差异明显。利用高密度bin图进行的作图分析在两季栽培共检测到25个位点,其中13个稳定位点的分析表明,个体中聚合的精英等位基因越多,这些性状在两季栽培的值越高。

    此外,还鉴定了一些耐厌氧的重组自交系,即G9、G10、G16和G151。通过对双亲在三个关键时期的基因表达分析,从13个稳定位点共获得84个差异表达基因,其中Os06g0110200, Os07g0638300, Os07g0638400, Os09g0532900,Os09g0531701和Os12g0539751(图5)是与厌氧萌发相关的最佳候选基因。

    6中草药 转录组 + miRNA




    题目:中草药甘遂对茉莉酸甲酯的响应机制
    期刊:Int. J. Mol. Sci   IF=4.183
    合作单位:西北大学
    研究目的:miRNA在植物不同发育阶段以及植物对生物胁迫和非生物胁迫的响应中发挥着重要的调控作用。然而,miRNA对茉莉酸甲酯(MeJA)响应机制尚不清楚。
    实验:茉莉酸甲酯处理0、24、36、48h后的叶组织,2个重复。


    图6 差异基因表达趋势分析


    结果:鉴定了与11,277个靶mRNA对应的875个miRNA,其中有168个已知miRNA靶向6019个mRNA序列。
    452 miRNA-mRNA对满足显著强负相关,并获得显著差异的miRNA(DEMs),STEM趋势分析获得4个显著差异的profile(图6)。
    对miRNA靶基因的KEGG,GO富集分析,鉴定33个mRNA与萜类化合物生物合成有关,是茉莉酸甲酯处理后,miRNA参与调控的代谢。

    7海水 宏转录组


    题目:水华爆发期间微生物物种与基因表达特征
    期刊:Frontiers in Microbiology  IF= 4.259
    合作单位:厦门大学
    研究目的:作为海洋生物地球化学循环的主要参与者,硅藻和鞭毛藻类主导着沿海海洋浮游植物群落,它们的季节性演替常常导致有害的藻华。但它们影响产生水华的发展过程尚不清楚。
    实验:在水华爆发的高峰时期,采集4个时间点,宏转录组分析


    图7 两类藻功能基因表达差异

    结果:硅藻到鞭毛藻的演替与浊度增加、磷酸盐有效性的急剧下降一致,伴随硅藻硅酸盐吸收和尿素利用基因表达的优势,向甲藻光捕获、多种磷的获取等基因表达优势的过度。
    此外,以硅藻为主的群落具有很强的碳水化合物代谢潜力和惊人的高表达胰蛋白酶,可能促进水华的形成(图7)。鞭毛藻爆发的特征是抗菌防御素基因的表达升高,这表明了能源利用和微生物防御在藻华发育中的潜在重要性。

    8土壤微生物18S + 宿主(黄瓜)性状



    题目:土壤中丛枝菌添加改善黄瓜品质
    期刊:Int. J. Mol. Sci   IF= 4.183合作单位:西北农林科技大学 研究目的:在塑料温室蔬菜栽培(PGVC)条件下,由于长期的人为活动和人为处理的强化,作物产量降低、土壤生物群落紊乱。
    实验:对照组、有机质处理组、丛枝菌(AM)添加组、有机质和AM添加组,3个重复。共12个样本,18S测序。


    图8 物种与黄瓜产量等性状的关联分析

    结果:添加AM和有机基质(GS)可以促进黄瓜的生长和生理功能,提高了果实营养吸收、季节黄瓜产量和果实品质性状。18S rRNA基因扩增子的分析表明,富含Glomus的优势AM属可能是与植物生产力和果实品质特征相关的重要生态驱动因素(图8)。
    这些结果表明,AM-有机基质组合可能是一个实用的选择,作为一种经济、高效的生物资源和一种新的可持续植物微生物介质,有利于提高该地区人为PGVC的区域生态系统服务和植物生产力。 基迪奥产品线丰富,涉及医学、动植物、微生物各个领域DNA、常规转录组、10X转录组、表观、翻译、蛋白、代谢等各个组学,有成熟的“转录组+”等多组学数据挖掘经验,助力更快更好深度科研、发表SCI!

    参考文献
    1.Huang Y, Xu Y, Lu Y, et al. lncRNAGm10451 regulates PTIP to facilitate iPSCs-derived β-like cell differentiationby targeting miR-338-3p as a ceRNA[J]. Biomaterials, 2019: 119266.
    2.Zhang X, Nie Y, Cai S, et al. Earlierdemethylation of myogenic genes contributes to embryonic precocious terminaldifferentiation of myoblasts in miniature pigs[J]. The FASEB Journal, 2019: fj.201900388R.
    3.Yang Y, Fang A, Yu Y, et al. Integratedtranscriptomic and secretomic approaches reveal critical pathogenicity factorsin Pseudofabraea citricarpa inciting citrus target spot[J]. Microbial biotechnology,2019.
    4.Yan J, Yuan W, Liu J, et al. An integrated process ofchemical precipitation and sulfate reduction for treatment of flue gasdesulphurization wastewater from coal-fired power plant[J]. Journal of Cleaner Production, 2019, 228: 63-72.
    5.Yang J, Sun K, Li D, et al. Identification of stable QTLsand candidate genes involved in anaerobic germination tolerance in rice viahigh-density genetic mapping and RNA-Seq[J]. BMC genomics, 2019, 20(1): 355.
    6.Li P, Tian Z, Zhang Q, et al. MicroRNAome Profile ofEuphorbia kansui in Response to Methyl Jasmonate[J]. International journal ofmolecular sciences, 2019, 20(6): 1267.
    7.Zhang Y, Lin X, Shi X, et al. Metatranscriptomic signaturesassociated with regime shift from diatom dominance to a dinoflagellatebloom[J]. Frontiers in Microbiology, 2019, 10: 590.
    8.Ali A, Ghani M I, Ding H, et al. Co-Amended SynergisticInteractions between Arbuscular Mycorrhizal Fungi and the OrganicSubstrate-Induced Cucumber Yield and Fruit Quality Associated with the Regulationof the AM-Fungal Community Structure under Anthropogenic Cultivated Soil[J].International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20(7): 1539.

    本文作者:基迪奥小鱼儿
                   

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    很厉害呢
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    好棒
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    平均一天一篇的速度真的厉害啊
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    如果用小工具作图发了文章算不算基迪奥客户作品?!
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