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[软件使用] 32个常用的生信在线工具

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  • TA的每日心情

    2019.9.23 10:01
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    发表于 2019.6.26 09:27:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
    在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点,因此深受科研人员的喜爱。基迪奥生物公众号已持续为大家分享过很多在线工具的使用教程,这里做个简单的整理。

    RNA二级结构

    1Mfold

    工具链接:http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold




    2RNAfold

    工具链接:http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi



    蛋白互作网络

    3String

    工具链接:https://string-db.org/



    基因共表达网络


    4Coexpedia

    工具链接:http://www.coexpedia.org/



    序列Motif

    5MEME

    工具链接:http://meme-suite.org/


    6Weblogo

    工具链接:http://weblogo.threeplusone.com/



    基因信息查找

    7Genecard

    工具链接:http://www.genecards.org



    序列展示

    8ESPript

    工具链接:http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi




    Gene ID转化

    9BioMart

    工具链接:http://www.ensembl.org/index.html



    10g:profiler

    工具链接:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert



    韦恩图

    11Venny2.0

    工具链接:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html



    12OmicShare 韦恩图工具

    工具链接:
    http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn




    三元图

    13Ternary plot maker

    工具链接:https://www.ternaryplot.com/



    基因结构分析

    14FGENES

    工具链接:http://softberry.com/


    范例结果:



    系统发育分析

    15iTOL

    工具链接:https://itol.embl.de/



    16Evolview

    工具链接:http://www.evolgenius.info/evolview/



    启动子预测

    17Promoter Scan


    工具链接:http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/



    蛋白一级结构预测
    18PredictProte

    工具链接:https://www.predictprotein.org/home



    19ProtParam tool

    工具链接:http://web.expasy.org/protparam/



    信号肽预测

    20SignalP

    工具链接:http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/





    跨膜结构域

    21TMHMM Server v. 2.0

    工具链接:http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/





    亚细胞定位

    22PSORT

    工具链接:https://www.psort.org/



    蛋白三级结构预测

    23SWISS-MODEL

    工具链接:https://swissmodel.expasy.org/



    24Phyre2

    工具链接:http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index



    短序列拼接

    25Cap3

    工具链接:http://doua.prabi.fr/software/cap3



    GO富集分析

    26OmicShare GO富集分析工具

    工具链接:http://www.omicshare.com/tools/home/report/goenrich.html



    KEGG富集分析

    27OmicShare KEGG富集分析工具

    工具链接:http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html



    趋势分析

    28OmicShare 趋势分析工具

    工具链接:http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/trend




    蛋白结构域预测

    29Pfam

    工具链接:http://pfam.xfam.org/search



    基因组杂合性评估

    30GenomeScope

    工具链接:http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2



    圈图

    31CIRCOS

    工具链接:http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/



    热图

    32Omicshare热图工具

    工具链接:http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/heatmap



    最后,除个别工具没有详细教程外,以上工具的详细使用教程大都可通过基迪奥生物 微信公众号菜单栏的“号内搜索”搜索到,嗯,赶快分享到朋友圈吧~


    本文作者:基迪奥莫北


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  • TA的每日心情

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    发表于 2019.6.26 15:22:04 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情
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    发表于 2019.6.27 11:51:09 | 显示全部楼层
    厉害啊,大神级别
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  • TA的每日心情
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    发表于 2019.6.27 19:24:47 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情

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    发表于 2019.6.27 20:02:16 | 显示全部楼层
    收藏转发感谢
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  • TA的每日心情

    2019.10.8 16:36
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    发表于 2019.7.6 20:59:42 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情
    害羞
    8 小时前
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    发表于 2019.7.8 13:43:24 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情
    好棒
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    发表于 2019.7.8 14:06:01 | 显示全部楼层
    有时候觉得自己什么都学一些,什么都不精。。。是不是该只把一个技能学到精通呢??到底是该做个通才?!还是该做个专才?!
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  • TA的每日心情
    吃饭
    2019.7.29 08:54
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    发表于 2019.7.10 09:00:37 | 显示全部楼层
    好东西,先马克
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  • TA的每日心情
    忙~
    3 天前
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    发表于 2019.7.11 17:16:30 | 显示全部楼层
    这也太好了吧
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  • TA的每日心情
    好棒
    昨天 13:51
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    发表于 2019.7.13 12:42:09 | 显示全部楼层
    最近想做三元图~
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  • TA的每日心情
    yes!
    10 小时前
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    发表于 2019.7.16 09:43:46 | 显示全部楼层
    这贴都是精华!
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  • TA的每日心情

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     楼主| 发表于 2019.7.16 09:44:11 | 显示全部楼层

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  • TA的每日心情
    no
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    发表于 2019.7.16 21:52:19 | 显示全部楼层
    太好了,相见恨晚
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  • TA的每日心情
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    2019.7.17 14:21
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    发表于 2019.7.17 14:29:52 | 显示全部楼层
    谢谢分享
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  • TA的每日心情

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     楼主| 发表于 2019.7.17 14:30:52 | 显示全部楼层

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  • TA的每日心情
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    [LV.1]初来乍到

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    发表于 2019.7.22 10:36:13 | 显示全部楼层
    实用!!!!
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