查看: 3050|回复: 3

[ChIP-seq] chipseq macs2 对应的-g mm 是用的mm9 还是mm10?

[复制链接]
  • TA的每日心情

    2019.6.20 13:45
  • 签到天数: 4 天

    连续签到: 1 天

    [LV.2]偶尔看看I

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    2
    奥币
    298
    积分
    108
    注册时间
    2017.5.31
    在线时间
    76 小时

    发表于 2018.5.10 13:41:51 | 显示全部楼层 |阅读模式

    马上注册,结交更多好友,享用更多功能,让你轻松玩转社区。

    您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

    x
    如题,用macs2 callpeak 时,谁知道macs2用的是mm9还是mm10?
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2019.6.20 13:45
  • 签到天数: 4 天

    连续签到: 1 天

    [LV.2]偶尔看看I

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    2
    奥币
    298
    积分
    108
    注册时间
    2017.5.31
    在线时间
    76 小时

     楼主| 发表于 2018.5.11 08:28:06 | 显示全部楼层
    顶顶顶
    回复

    使用道具 举报

    该用户从未签到

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    2
    奥币
    154
    积分
    69
    注册时间
    2019.3.26
    在线时间
    43 小时

    发表于 2020.3.8 14:22:54 | 显示全部楼层
    官网给出了解释,这个gsize的参数不用是精确的,其对结果影响不大。因为实际有效基因组的大小是一般基因组大小的百分之90或者70。或者你也可以自己指定某个数字。
    Users may want to use k-mer tools to simulate mapping of Xbps long reads to target genome, and to find the ideal effective genome size. However, usually by taking away the simple repeats and Ns from the total genome, one can get an approximate number of effective genome size. A slight difference in the number won't cause a big difference of peak calls, because this number is used to estimate a genome-wide noise level which is usually the least significant one compared with the *local biases* modeled by MACS.
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    yes!
    前天 08:01
  • 签到天数: 39 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    10
    奥币
    388
    积分
    583
    注册时间
    2020.3.29
    在线时间
    22 小时

    灌水之王


    发表于 6 天前 | 显示全部楼层
    顶一下
    回复

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表