查看: 3050|回复: 19

[转录组] 求教 RNA-seq数据怎样做GSEA分析?

[复制链接]
  • TA的每日心情

    2016.7.7 23:10
  • 签到天数: 24 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    12
    奥币
    978
    积分
    460
    注册时间
    2016.5.22
    在线时间
    78 小时

    发表于 2016.6.19 23:58:34 | 显示全部楼层 |阅读模式

    马上注册,结交更多好友,享用更多功能,让你轻松玩转社区。

    您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

    x
    请问基迪奥的各位老师,我得到一批小鼠RNA-seq数据,请问怎么样做GSEA分析呢?用的是GSEA V2.2.2,搞不懂的是里面那些gene set和参数怎么选择?求教求教啊
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2019.1.23 23:11
  • 签到天数: 104 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    45
    奥币
    5409
    积分
    4909
    注册时间
    2015.12.5
    在线时间
    501 小时

    活跃会员论坛元老


    发表于 2016.6.20 00:17:25 | 显示全部楼层
    GSEA就需要两个文件:
    1)基因注释文件;2)基因排序文件(根据 差异倍数或相关系数排序)
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2018.5.15 08:35
  • 签到天数: 150 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    版主

    Rank: 10Rank: 10Rank: 10

    主题
    15
    奥币
    4717
    积分
    2716
    注册时间
    2016.4.20
    在线时间
    367 小时

    突出贡献优秀版主论坛元老


    发表于 2016.6.20 06:51:51 | 显示全部楼层
    也可以看下我大湿兄的ClusterProfiler R包 ,用起来更方便一点,如果有R基础的话
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.7 23:10
  • 签到天数: 24 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    12
    奥币
    978
    积分
    460
    注册时间
    2016.5.22
    在线时间
    78 小时

     楼主| 发表于 2016.6.20 10:26:38 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2016.6.20 06:51
    也可以看下我大湿兄的ClusterProfiler R包 ,用起来更方便一点,如果有R基础的话 ...

    在哪里有?
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.7 23:10
  • 签到天数: 24 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    12
    奥币
    978
    积分
    460
    注册时间
    2016.5.22
    在线时间
    78 小时

     楼主| 发表于 2016.6.20 10:27:39 | 显示全部楼层
    本帖最后由 caiyun 于 2016.6.20 10:52 编辑
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.6.20 00:17
    GSEA就需要两个文件:
    1)基因注释文件;2)基因排序文件(根据 差异倍数或相关系数排序) ...

    不懂·····我就在GSEA官网上倒腾的~弄不出来···别打我啊
    您说的这两个文件怎么做呢?
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2018.5.15 08:35
  • 签到天数: 150 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    版主

    Rank: 10Rank: 10Rank: 10

    主题
    15
    奥币
    4717
    积分
    2716
    注册时间
    2016.4.20
    在线时间
    367 小时

    突出贡献优秀版主论坛元老


    发表于 2016.6.20 10:50:18 | 显示全部楼层

    百度 谷歌 ,找不到了来说
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2019.1.23 23:11
  • 签到天数: 104 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    45
    奥币
    5409
    积分
    4909
    注册时间
    2015.12.5
    在线时间
    501 小时

    活跃会员论坛元老


    发表于 2016.6.20 10:52:14 | 显示全部楼层
    caiyun 发表于 2016.6.20 10:27
    不懂·····我就在GSEA官网上倒腾的~弄不出来···别打我啊

    如果你研究的不是模式生物,没有必要使用GSEA。
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.7 23:10
  • 签到天数: 24 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    12
    奥币
    978
    积分
    460
    注册时间
    2016.5.22
    在线时间
    78 小时

     楼主| 发表于 2016.6.20 11:28:36 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.6.20 10:52
    如果你研究的不是模式生物,没有必要使用GSEA。

    我是小鼠······
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2019.1.23 23:11
  • 签到天数: 104 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    45
    奥币
    5409
    积分
    4909
    注册时间
    2015.12.5
    在线时间
    501 小时

    活跃会员论坛元老


    发表于 2016.6.20 14:12:01 | 显示全部楼层
    caiyun 发表于 2016.6.20 11:28
    我是小鼠······

    你下载个JAVA版的,到本地试试。软件这东西,还是要自己看说明书,看懂原理,不然用错了,都不知道错在哪里。 GSEA就是做富集分析的,富集分析有很多方法,不是非使用GSEA啊。使用OS-tools就可以了。
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.7 23:10
  • 签到天数: 24 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    12
    奥币
    978
    积分
    460
    注册时间
    2016.5.22
    在线时间
    78 小时

     楼主| 发表于 2016.6.20 15:03:55 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.6.20 14:12
    你下载个JAVA版的,到本地试试。软件这东西,还是要自己看说明书,看懂原理,不然用错了,都不知道错在哪 ...

    让我哭死吧
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2019.1.23 23:11
  • 签到天数: 104 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    45
    奥币
    5409
    积分
    4909
    注册时间
    2015.12.5
    在线时间
    501 小时

    活跃会员论坛元老


    发表于 2016.6.20 15:54:43 | 显示全部楼层

    哭什么  
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.7 23:10
  • 签到天数: 24 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    12
    奥币
    978
    积分
    460
    注册时间
    2016.5.22
    在线时间
    78 小时

     楼主| 发表于 2016.6.20 18:32:07 | 显示全部楼层

    搞不出来啊·······
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2019.1.23 23:11
  • 签到天数: 104 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    45
    奥币
    5409
    积分
    4909
    注册时间
    2015.12.5
    在线时间
    501 小时

    活跃会员论坛元老


    发表于 2016.6.20 23:44:54 | 显示全部楼层
    caiyun 发表于 2016.6.20 18:32
    搞不出来啊·······

    要慢慢试,需要点时间。这个软件比较麻烦。
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.7 23:10
  • 签到天数: 24 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    12
    奥币
    978
    积分
    460
    注册时间
    2016.5.22
    在线时间
    78 小时

     楼主| 发表于 2016.6.21 22:54:01 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.6.20 23:44
    要慢慢试,需要点时间。这个软件比较麻烦。

    哥,我已经放弃了
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.7 23:10
  • 签到天数: 24 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    12
    奥币
    978
    积分
    460
    注册时间
    2016.5.22
    在线时间
    78 小时

     楼主| 发表于 2016.6.21 22:59:11 | 显示全部楼层
    等我做出来 就写教程了
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2019.1.23 23:11
  • 签到天数: 104 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    45
    奥币
    5409
    积分
    4909
    注册时间
    2015.12.5
    在线时间
    501 小时

    活跃会员论坛元老


    发表于 2016.6.22 00:15:15 | 显示全部楼层
    caiyun 发表于 2016.6.21 22:54
    哥,我已经放弃了

    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.7 23:10
  • 签到天数: 24 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    12
    奥币
    978
    积分
    460
    注册时间
    2016.5.22
    在线时间
    78 小时

     楼主| 发表于 2016.6.24 23:09:57 | 显示全部楼层

    我已经会了 好像,似乎会了呢
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2019.1.23 23:11
  • 签到天数: 104 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    45
    奥币
    5409
    积分
    4909
    注册时间
    2015.12.5
    在线时间
    501 小时

    活跃会员论坛元老


    发表于 2016.6.25 02:02:50 | 显示全部楼层
    caiyun 发表于 2016.6.24 23:09
    我已经会了 好像,似乎会了呢

    发帖分享给你加分
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    yes!
    2018.4.10 17:18
  • 签到天数: 55 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    7
    奥币
    628
    积分
    150
    注册时间
    2016.5.5
    在线时间
    32 小时

    发表于 2016.6.28 13:38:53 | 显示全部楼层
    楼主真逗
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    昨天 12:12
  • 签到天数: 19 天

    连续签到: 13 天

    [LV.4]偶尔看看III

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    2
    奥币
    213
    积分
    84
    注册时间
    2019.4.14
    在线时间
    16 小时

    发表于 2019.6.11 18:33:45 | 显示全部楼层
    你好,想问你一下你的小鼠做GSEA的gmt文件从哪里下载的?可以给我发一份嘛?
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表