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课程-转录组入门理论及实操
本系列课程将从RNA类型、对应测序手段、RNA样本采集方法等基础知识开始,根据转录组数据挖掘三大基本分析思路,结合R语言、Cytoscape、AI等软件进行实际操作的讲解,带大家了解转录组必备的分析思路和绘图技能。这些课程不仅有深入浅出的详细讲解,各个实操课程,也都提供了相应的示例数据和R语言脚本,方便大家边听边操作。
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本次系列课程,将从RNA类型、对应测序手段、RNA样本采集方法等基础知识开始,根据转录组数据挖掘三大基本分析思路,结合R语言、Cytoscape、AI等软件进行实际操作的讲解,带大家了解转录组必备的分析思路和绘图技能。这些课程不仅有深入浅出的详细讲解,各个实操课程,也都提供了相应的示例数据和R语言脚本,方便大家边听边操作。


系列课程分为五个章节,包括:

1.概述简介。这一部分涵盖了转录组基本内容,包括测序方法、在农学和医学中的应用、样本采集方法等等。还有R语言入门知识概述,包括R包安装、数据读取和输出等。

图1 R语言入门

2.基于表达量分析的理论及实操。这一部分介绍了基于表达量分析的差异分析、趋势分析和WGCNA理论知识,和常用的散点图、火山图、盒型图和热图绘制等讲解。

图2 热图绘制

3.基于基因功能分析的理论及实操。这一部分介绍了基于基因注释,也就是基于基因功能进行分析的内容。包括大家总理不清的富集分析理论和最想要的富集柱状图和气泡图的绘制教程。还有用网页操作的形式对转录因子、String数据库等的介绍。

图3 富集分析柱状图和气泡图

4.多组学关联分析理论及实操。这一部分介绍了多组学结合分析理论知识,包括转录组结合新型表观技术、翻译组、蛋白组、代谢组进行分析的理论知识,还有四象限图、九象限图、桑基图、Cytoscape网络图等,常用组学关联分析用到的高级图形。

图4 四象限/九象限图绘制

5.实用能力拓展。根据SCI文章图形基础要求,介绍了AI软件基础操作及图形编辑美化、组合图排版等内容。


   宅家期间,如果能踏实地去学习和掌握这些内容,这场战“疫”过后,也可以说是从家中“破茧成蝶”了,解放的那一刻就能去迎接更高阶的挑战了。

第1 章  概述简介
第2 章  R语言入门实操课程
第3 章  基于表达量分析的理论及实操
第4 章  基于基因功能分析的理论及实操
第5 章  多组学关联分析理论及实操
第6 章  实用能力拓展

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